1.食源微生物

1.1 Multiplex bacteria detection using one-pot CRIS-PR/-Cas13a-based droplet microfluidics

1.2Rapid detection of Salmonella with RecombinaseAided Amplification

1.3不对称重组酶介导扩增结合分子信标检测金黄色葡萄球菌方法的建立与应用

1.4重组酶介导扩增技术快速检测沙门菌方法的建立

1.5重组酶介导扩增方法快速检测A族乙型溶血性链球菌

1.6CRISPR-Cas13a 结合重组酶介导的扩增快速检测副溶血性弧菌方法的建立

1.7 CRISPR-Cas13a辅助RAA快速检测金黄色葡萄球菌的研究

1.8重组酶介导等温核酸扩增方法快速检测土壤沙门氏菌

1.9重组酶介导等温扩增技术检测哈维氏弧菌

1.10动物源性食品中致病微生物的快速PCR检测

2.综述

2.1重组酶等温扩增技术在分析检测中的应用研完进展

Multiplex bacteria detection using one-potCRISPR/Cas13a-based droplet microfluidics

Abstract:High-throughput detection of bacteria at low levels is critical in public health,food safety,and first response.Herein,for the first time,we present a platform based on droplet microfluidics coupling with the recombinasealded amplification(RAA)-assisted one-pot clustered regularly interspaced short palindromic repeats togetherwith CRSPR-associated proteins 13a(CRISPR/Cas13a) assay,and droplet encoding strategy for accurate andsensitive deter mination of nudeic adidsfrom various foodborne pathogens.The workflow takes fulladvantageof CRISPR/Cas13a signal amplification and droplet confinement effects,which enhancesthe detection sensitivi-ty and enables end-point quantitation.Meanwhile,by varying the color of droplets,the number of bacteriadetectedatthe same time is greatly improved.Ilt possesses the capability to simultaneously detectseven differ-ent types of foodborne pathogens.Notably,the system is also applied to real food samples with satisfactoryresults.Overall,in view of superiorities inhigh sensitivity,outst anding selectivity,and large-scale multiplexing,the one-pot CRISPR/Cas13a-based droplet microfluidic system could be expanded and universalized for identi-fying other bacteria.

Key words:Bacterla,Multiplex detection,RAA,One-pot CRSPR/Cas13a assay,Droplet microfluidics,Drapletencoding.

Rapid detection of Salmonella withRecombinase Aided Amplification

Abstract:Rapid Salmonella detection using Recombinase Aided Amplification was established.The reactioncompletes in20 min at 39 ℃ and can be performed with a portable device.Once further impraved,this methodshould be a great choice for monitaring contamination,such as foodborne Salmonella or for similar purposes.

Keywords:Salmonella,Re combinase Aided Amplification,Foodborne,Food safety.

不对称重组酶介导扩增结合分子信标检测金黄色葡萄球菌方法的建立与应用

摘要：目的建立一种基于重组酶个导扩增技术(RAA)与分子信标相结合的病原菌恒温快速检测方法。方法方法学的建立。通过金黄色葡萄球菌A蛋白(SPA)所对应的基因设计相应引物及分子信标探针，不断调整引物浓度比例以确定最住引物浓度比来进行不对称扩增，利用不对称重组酶介导扩增并与分子信标探针杂交,通过琼脂糖凝胶电泳及荧光采集观测结果。将阳性质粒以10倍的梯度稀释，检测该方法的灵敏度。利用该RAA杂交法检测大坪医院检验科微生物室保存的2016年12月的72株包含金黄色葡萄球菌及葡萄球菌属其他种细菌的菌株，以检测该方法的特异性。在特异性实验基础上添加我室保存的2016年12月的39其他菌株进行 Kappa一致性检验及临床诊断效能评价。结果当限制性引物与非限制性引物的浓度比例在1:20时，产生单链DNA(SSDNA)的效率最高。不对称RAA扩增与分子信标探针杂交的效率明显高于对称扩增。该方法的灵敏度为20拷贝/ul。RAA杂交法能够将金黄色葡萄球菌与萄球菌属其他菌株区分，与传统金标准相比Kappa为0.860，一致性良好。经过对111株菌株的检测,该方法敏感度为92.5%(37/40)，特异度为97.2%(691/71)，阳性预测值为94.9%(37/39)，阴性预测值为95.8%(69/72)，阳性似然比为33.04，阴性似然比为0.077,约登指数为0.897。与传统金标准相比,Kappa为0.902,两种方法一致性良好。结论通过对不对称RAA扩增条件的优化及与分子信标探针的结合，建立了RAA杂交技术检测细菌DNA的新方法，为恒温扩增应用于临床奠定基础。(中华检验医学杂志，2017，40:309-313)

关键词：金黄色葡萄球菌；核酸扩增技术；分子探针

重组酶介导扩增技术快速检测沙门菌方法的建立

摘要：目的采用重组酶介导核酸扩增方法(Recombinase aided amplification,RAA)，建立沙门菌快速检测方法。方法根据沙门菌的 invA 基因设计引物和探针，通过构建含目的基因片段的质粒分析RAA方法的灵敏度，通过检测大肠杆菌、志贺菌验证方法的特异性，并检测沙门菌阳性样本进行验证。结果建立的方法在39℃下进行，检测时间在20 min以内，检测下限为102拷贝ul，与大肠杆菌、志贺菌无交叉反应，特异性良好。结论建立的RAA检测方法具有快速、灵敏、特异以及操作简便等特点,适用于沙门菌的快速检测。

关键词：沙门菌；重组酶介导扩增；分子检测